Два главных противника Новгорода - шведы и меченосцы - были отражены и на время отступились от нападений. Оставался третий враг - воинственная и полудикая Литва.
Разделенная на множество мелких княжеств, она делала набеги на Русь сравнительно небольшими отрядами. Эти отряды появлялись из литовских лесов перед тем или иным русским городом, иногда захватывали его и грабили окрестности. Потом они снова скрывались в леса. Если русские князья настигали такой отряд и уничтожали его, то это не прекращало набегов. Один литовский князь или несколько, соединившись вместе, снова приходили на Русь.
Постоянная борьба с Литвой отличалась от борьбы с орденом и шведами. В ней не было угрозы порабощения иным миром и иной культурой. В ней не было и трагического ожидания битвы, как на Неве или у Вороньего камня. Борьба была постоянно тянущейся партизанской войной. Она постепенно обескровливала землю.
Все новгородские князья вели постоянную войну с Литвой. Это вошло в новгородскую княжескую традицию, как и война с меченосцами.
Св. Александру Невскому пришлось оборонять русскую землю и от этого врага. Постоянные набеги литовцев особенно усилились в 1242 году, в следующее за Ледовым побоищем лето.
Св. Александр пошел на Литву. Он разбил один за другим семь, проникших на новгородскую землю, литовских отрядов. Новгородцы ловили уцелевших от разгрома литовцев и, озлобленные на них, уводили в плен, привязавши к хвостам коней. Этот быстрый разгром прекратил литовские набеги. Несколько лет за Ледовым побоищем и поражением Литвы прошли спокойно. Постоянные враги Новгорода - шведы, орден и литовцы - примолкли. Мир был и в Новгороде. За это время не было слышно ни о мятежах, ни о восстаниях, ни ссорах с князем. Как новгородский князь Св. Александр принимал участие в управлении Новгородом.
В 1244 году, 5 мая, скончалась мать Св. Александра княгиня Феодосия Ярославна, жившая в Новгороде. Перед смертью она была пострижена в монашество при монастыре Св. Георгия с именем Евфросинии и погребена в том же монастыре, рядом со своим сыном, князем Феодором.
В 1245 году Литва снова совершила набег на новгородские владения. Несколько литовских князей, соединившись вместе, прошли до Бежецка и Торжка. Жители Торжка со своим князем Ярославом Владимировичем выступили против них и были разбиты. Литовцы захватили большой полон и повернули назад в Литву. Этот набег поднял всю северную Русь. Тверичи, дмитровцы и новоторжцы погнались за уходившею с полоном Литвою и разбили ее под Торопцем. Литовские князья со своей ратью скрылись за стенами города. Русские обложили город. Наутро после этой сечи к Торопцу подошел с новгородцами Св. Александр. Взяв приступом город, он отнял у литовцев весь полон. В этом бою пало восемь литовских князей.
Здесь, под стенами Торопца, у Св. Александра вышло разногласие с новгородцами. Новгородцы считали, что поход кончен. Но Св. Александр знал, что поражение одного литовского отряда не избавит Новгород от дальнейших набегов. После длительных споров князя с посадником и воеводами новгородская рать разделилась. Новгородское ополчение и владычний полк с посадником и тысяцким вернулись в Новгород, а Св. Александр со своей княжей дружиной пошел в литовские пределы. Войдя в Смоленскую землю, он встретил Литву под Жижичем и разбил ее. На обратном пути он разбил и другую рать под Усвятом.
Разгром литовцев не на новгородской земле, а в литовских лесах надолго прекратил набеги. Эта война, как и все войны Св. Александра, была оборонительной по существу, но наступательной по действиям.